في ظل اجراءات المتابعة المتخذة من قبل وزارة الصحة تم تحديد مراكز العزل الطبي والحجر الصحي في المحافظات وفق التالي :
دمشق: تحديد فندق مطار دمشق الدولي ومركز الدوير الصحي كمركزين للحجر الصحي ومشفى الزبداني الوطني مركزاً للعزل الطبي.
ريف دمشق: تحديد فندق السفير وفندق مطار دمشق الدولي ومركز الدوير الصحي كمراكز للحجر الصحي ومشفى الزبداني الوطني مركزاً للعزل الطبي.
اللاذقية: تحديد مبنيي التدريب للمعلمين وسكان الأطباء في الحفة كمركزين للحجر الصحي والهيئة العامة لمشفى الحفة الوطني مركزاً للعزل الطبي
طرطوس: تحديد مركزي الحميدية الصحي والشيخ حسن البر للحجر الصحي ومعسكر الطلائع للعزل الطبي
السويداء: تحديد مشفى سالي والمركز التدريبي للحجر الصحي ومشفى زيد الشريطي مركز للعزل الطبي.
حمص: تحديد مركز باب عمرو الصحي والمشفى المتنقل الجامعي مركزين للحجر الصحي ومشفى ابن الوليد للعزل الطبي.
القنيطرة: تحديد مركز مدينة البعث للحجر الصحي في القنيطرة ومشفى الشهيد ممدوح أباظة للعزل الطبي.
حماة : تحديد مركز الشريعة ومركز محسن حاج حسين كمركزين للحجر الصحي والهيئتين العامتين لمشفى حماة الوطني ومشفى الأسد الطبي كمراكز للعزل الطبي .
حلب : تحديد مشفى ابن خلدون “بناء منعزل” للحجر الصحي ومشفى حلب الجامعي ومشفى زاهي أزرق كمراكز للعزل الطبي.
درعا : تحديد مركز خربة غزالة ومركز الضاحية كمراكز للحجر الصحي ومشفى ازرع كمركز للعزل الطبي.
دير الزور: تحديد الطابق الثالث في الهيئة العامة لمشفى الأسد مركزاً للحجر الصحي والطابق نفسه إضافة إلى الطابق الأرضي لمشفى الفرات كمركزين للعزل الطبي.
القامشلي : تحديد فندق السنابل مركزاً للحجر الصحي والهيئة العامة لمشفى القامشلي مركزاً للعزل الطبي.